小さなモデルを使って作業する場合、初期設定のボーンサイズでは視覚的に作業しづらい状況になることがあります。エクスポート時にスケーリング出来るので実寸の小さいサイズのままではなく、Spine上では作業しやすいサイズでモーション付けをしましょう。Spine上で大きいサイズを扱って作業すれば細かなパーツの細部まで確認出来るのでより詳細なモーションを付ける事ができるかと思います。
仕様的にそうもいかない場合や、ボーンで埋め尽くされてるような状況の場合、「設定」内のボーンスケールの数値を変更することでボーンの表示サイズを小さく出来ます。
「1」がデフォルトのサイズなので半分にしたい場合は「0.5」にします。
見比べるとぜんぜん違いますね。サイズを小さくする事で視覚的にゆとりが生まれます。説明にあるように、逆に大きなスケルトンの場合はスケールを1以上の数値にすれば大きく表示されます。